曾經，一個高度發達的先進種族Ancient以地球為基地，幾百萬年前，不知什麼原因，他們離開地球去了某地，在南極只留下一個前哨站。在Jack O'Neill將軍用前哨站的一種Ancient武器消滅前來攻擊地區的Goa'uld人的艦隊之後，各國合作建立了南極聯盟，為研究前哨站裏的Ancient科技、促進國際合作與和平而共同努力。在研究過程中，他們發現了Ancient離開地球後所去的地方——飛馬座星系。於是，為了發掘被埋沒的歷史、探索未知的世界，各國組建了亞特蘭蒂斯探險團隊，通過星際之門到達了幾百萬年前從地球飛走的亞特蘭蒂斯城。
但不幸的是，地球人的到來驚醒了一群統治飛馬座星系的怪物——Wraith，他們技術先進、體格健壯，性情粗野殘暴，不講信義，而且以人類為牲畜，吸人生命。一萬年前他們打敗了Ancient並迫使其逃回地球，而探險隊也發現了一個驚人的事實：Wraith是Ancient試驗的產物！為了對抗強大的Wraith，亞特蘭蒂斯的小分隊不得不探索飛馬座星系諸星球，與飛馬的原住民聯系，試圖找到抵禦Wraith的方法，經歷了一次次險象環生的旅程。