故事發生在東京八丈島近海，這裡建成了一座連接了全球各地警方監控攝像的海洋設施「太平洋浮標」。在這座設施正式啟動之前，為了與歐洲刑警組織管轄的範圍聯網，世界各國的IT工程師來到現場。而與此同時，一項應用了人臉識別系統的「新技術」的測試也在進行中……
另一方面，柯南和少年偵探團在園子的招待下來到八丈島賞鯨。此時，柯南接到來自沖矢昂（赤井秀一）的電話，被告知歐洲刑警組織的成員在德國遭到琴酒的殺害。為調查真相，柯南偷偷混進了前往「太平洋浮標」進行警備工作的黑田兵衛等警視廳人員乘坐的警備艇中，進入設施內部。之後，在為系統啟動而穩步展開準備工作的設施內，發生了案件——一名女性工程遭到黑衣組織的綁架，而她手中裝有某些情報的U盤也落到了黑衣組織的手裡。
海中傳來令人毛骨悚然的螺旋槳聲。而此時身在八丈島的灰原哀身邊，也正有黑影在悄悄靠近……