曾經有一場被稱作「厄祭戰」的大型戰爭。那場戰爭終結後過了大約300年。
地球圈失去了至今為止的統治機構，在新的支配體系下，新世界被構築起來。一時的和平到來，與此同時，遠離地球的火星圈燃起了新戰爭的火種。
主人公——少年三日月·奧古斯，從所屬的民間警備公司克律塞安保公司（下稱CGS）那裡，接受了打算讓在地球勢力統治下的火星都市獨立的少女庫德莉亞·藍那·伯恩斯坦的護衛任務。但，CGS受到摘取反叛之芽的武力組織加拉爾霍恩的襲擊，於是在把三日月這些孩子當做誘餌後撤退了。少年們的領袖，奧爾加·伊茲卡認為這是個機會，並決定對虐待自己的大人們掀起反旗。被奧爾加託付擊退加拉爾霍恩的三日月，利用被當做CGS動力爐來使用的「厄祭戰」時代的機動戰士——高達·巴巴托斯，向敵軍發起挑戰。