故事發生在1926年的紐約，彼時，麻雞們對魔法師的抵制達到了最高峰，由瑪麗露（薩曼莎·莫頓 Samantha Morton 飾）所領導的反魔法組織活動頻繁。與此同時，街頭巷尾之中時時發生的種種災難意外讓魔法世界的存在離暴露僅有一線之隔，整個魔法部陷入了空前緊張的氣氛之中。
就在這個節骨眼上，環遊世界進行著研究神奇魔法動物之行動的魔法動物學家紐特（埃迪·雷德梅恩 Eddie Redmayne 飾）抵達了紐約，他隨身攜帶的魔法手提箱里，裝著幾十種他一路營救的魔法動物們，而他的一舉一動，均處於隸屬於魔法部的前傲羅蒂娜（凱瑟琳·沃特森 Katherine Waterston 飾）的監視之下。一場意外中，麻雞雅各布（丹·福格勒 Dan Fogler 飾）誤拿了紐特的手提箱，並且放出了藏在箱子里的魔法動物，為此，紐特、蒂娜、雅各布和蒂娜的妹妹奎妮（艾莉森·蘇朵兒 Alison Sudol 飾）不得不踏上了尋找魔法動物的旅途。