1999年，由於數碼世界資料異常增生，導致數碼世界和現實世界的連接發生紊亂。地球上相應地出現奇怪的自然現象：東南亞沒有下雨，池塘全部幹涸；中東卻因為連場大雨發生洪水；美國則遇到有史以來最寒冷的冬天。
11歲的少年八神太一（藤田淑子 配音），和夥伴石田大和（風間勇刀 配音）、武之內空（水谷優子 配音）、泉光子郎（天神有海 配音）、太刀川美美（前田愛 配音）、城戶丈（菊池正美 配音）、高石武（小西寛子 配音）一起參加了夏令營，一次意外卻被神秘地送到了一個多彩的數碼世界。在那裏，他們得到了叫做“數碼寶貝”的搭檔。進入數碼世界後，八神太一一行人遇到了兇惡的怪獸貝殼獸，眼看大家都要被抓住的時候，太一的亞古獸忽然進化成為暴龍獸，拯救了他們。進化到底是怎麽回事情？數碼世界究竟是什麽？無數的謎團出現在被召選的小朋友們面前，精彩的冒險就這樣開始了……