由指揮官展瀚韜（馬德鐘飾）領導的飛虎隊行動組A Team，經過一年的合作和鍛鍊，各隊員漸見成熟，合作更具默契，而面對的新挑戰亦接踵而來。隨著舊拍檔相繼離隊，俞學禮（羅仲謙飾）、莊卓源（梁烈唯飾）等A Team成員搖身一變成大師兄，以身作則帶領一批新隊員：包括一心成為女飛虎的蘇文強（黃智雯飾）。飛虎隊在一次拯救人質行動中，匪徒執意要見一名失蹤多時的刑事情報科女探員－ 鍾韋恩（鍾嘉欣飾），但韋恩早以音訊杳然。飛虎隊苦無對策下強攻拯救人質又遇上困局，千鈞一發之際，韋恩突然出現，與瀚韜裏應外合，救出人質。
飛虎隊每次行動部署精密，但在一次行動中，一名飛虎隊員卻被指違反守則需接受聆訊。其他隊員對此忿忿不平，團結一致保護犯錯隊友，惟瀚韜公正不阿直斥其非。眾隊員有感瀚韜處事固執，向來團結的A Team竟面臨四分五裂的危機，瀚韜如何化解……