在上一季中，以果敢幹練的作風和高超驚人的醫術，人稱 “Doctor X”外科醫生大門未知子（米倉涼子 飾）在早已形同腐臭泥潭一般的帝都醫科大學第三醫院力挽狂瀾，掀起前所未有的風暴。因在北海道馬場冒險為一匹骨折的馬做手術，未知子得到內科專家馬淵一代（三田佳子 飾）的賞識，進而受邀踏入全日本頂尖醫者雲集的殿堂——帝都醫科大學附屬醫院！此前不久，外科總負責人蛭間重盛（西田敏行 飾）曾親手為醫院的大金主——某地產大鱷二宮欽也（寺田農 飾）完成高危手術，誰知此番二宮癌癥復發再度入院。第二外科主任海老名（遠藤憲一 飾）攜團隊積極備戰，配合蛭間迎接新一輪的手術。而馬淵所率領的內科則就治療方式上與外科產生嚴重分歧和對立。
未知子的到來，無疑使雙方的矛盾趨於白熱化……