在距離地球15光年的外太空，科技昌明的Baab星上生活著一群愛好和平的藍色小人。其中斯科奇（布蘭登·費舍 Brendan Fraser 配音）是該星球一個勇猛果敢、正義感十足的超級英雄，他經常駕駛超新星-9號飛船穿梭宇宙，在BASA總部他的兄弟蓋裏（羅伯·考德瑞 Rob Corddry 配音）的指揮下，一次次圓滿完成營救受困外星人的任務。這一日，剛回家不久的斯科奇被BASA負責人莉娜（傑西卡·阿爾芭 Jessica Alba 配音）命令即刻前往黑暗星球——地球執行救援任務。擔心兄弟的安危，蓋裏與執意前行的斯科奇發生爭吵。在全Baab星人民的註視下，斯科奇成功抵達著名的51區，結果卻被夏克爾將軍（威廉·夏特納 William Shatner 配音）為首的軍方抓獲。
為了救回最親密的兄弟，一向謹小慎微的蓋裏不得不踏上兇險的征途，而這一切背後的陰謀也悄悄浮出水面……