《雅典娜女神》講述了一群熱血青年遊走於國仇與家恨之間，在風雲際會的年代浴血抗戰的傳奇故事。
作為劇中的靈魂人物，女主角琉璃子是貫穿全劇的線索式人物。片方透露，劇中的琉璃子從小隨生母、繼父生活在日本，十五歲時目睹養育自己的繼父因反戰被日本軍部秘密殺害，在忠仆救助下逃生的琉璃子立誓要為繼父一家報仇，自此行蹤成迷。五年隱忍，回到祖國中國的琉璃子搖身一變，成了上海灘最炙手可熱的交際花，她在達官顯貴、國軍日軍之間穿梭自如，並以“雅典娜”為代號對當年的殺父仇人展開復仇。琉璃子外表柔美，卻身懷絕技，善良的她相繼與納蘭東及歐陽徹展開糾葛的戀情，因與所愛之人立場相左，所以內心常常痛苦掙紮。
《雅典娜女神》中，與琉璃子展開命運羈絆的納蘭東是劇中的第一男主角。他表面上是偽滿洲國親王世子，實則卻是中共特戰隊隊長。人前，納蘭東性格放蕩不羈，輕松遊走於上海各方勢力集團之間談笑風生，在美女如雲的溫柔鄉裏樂而忘返。暗地裏卻將一腔熱血都傾註在抗日衛國的不懈鬥爭中，與日軍鬥智鬥勇，輪番血戰。與琉璃子相識相戀改變了納蘭東的人生軌跡，他付出了自己的第一份真愛，可責任、道義、立場、大局等樁件件都像枷鎖一樣橫亙在兩人的愛情之間，最終化身為不可磨滅的隔閡，而納蘭東也痛苦的糾結在深愛與割舍之間。