在重組戰爭之後，有一部分科學家通過基因技術製造出了一種各方面能力都超過一般人類的強化人，被稱作調整者[COORDINATOR]。後來，由於證據1的出現，宗教界的威信崩潰，人們漸漸接受了調整者這一特殊的存在。 由於各方面調整者和自然人的衝突，在長期的計畫後，由調整者衛星組成的“Z.A.F.T”（紮夫特）和投資建設衛星的理事國的對立日漸明顯，終於，在受到ZAFT持續的小規模襲擊後。C.E70年2月14日，地球軍向P.L.A.N.T農業衛星狄尼尤斯7發射核彈，摧毀了它，人稱“血色*情人節”（阿斯蘭的母親雷諾亞.薩拉也在此事件中喪生，阿斯蘭也因此加入軍隊）。之後雙方放棄了所有的外交努力，撕破臉皮開始軍事行動，慘烈的宇宙戰爭由此爆發。
開戰一年後，在中立的資源衛星國家赫立奧波利斯[ヘリオポリス]（屬於奧布）上發生一場戰鬥，為了奪取“大西洋聯邦”秘密研製的新型高性能機動戰士“GUNDAM”，紮夫特軍隊機動戰士部隊突襲了地球聯合軍。這個冒險的軍事行動由於策劃充分而且行動迅速，打的地球聯合軍措手不及，搶走5台地球軍的新武器——高達中的4台。
基拉和好友阿斯蘭都是生活在行星上的調整者少年，他們從小住在一起，對未來有著同樣的希望和夢想。後來阿斯蘭加入紮夫特軍隊，成為一名機動戰士駕駛員。在這次行動中，阿斯蘭也是其中成員之一。而此時的基拉還是一名工業學校的學生，在紮夫特軍的突襲下，為了保護身邊的親人和朋友，他趁亂登上未被搶走的“STRIKE GUNDAM”，開始踏上戰爭的征途.