故事發生在距今並不遙遠的二十一世紀中期，主角林肯6-E(伊萬•麥克戈雷格 飾)和幾百個夥伴生活在一個類似於烏托邦的地下社會中，在他們周圍是先進的精密儀器，有條不紊的生活節奏和高效智慧的防禦系統，雖然終日不見天日，但根據基地科學家的描述，在他們的頭上，整個星球已經被核戰徹底地污染，已經沒有任何生物能夠在那裏生存。
　　烏托邦的生活雖然一切井井有條，但自然和自由更令人嚮往，所有基地的居民都盼望著一個抽籤的機會，幸運者將會被送到最後一個未被污染的地方，一個叫‘The Island（天堂島）’的世外桃源，而這一次獲得這項榮譽的是林肯6-E的女朋友，美麗的喬丹2-D(斯嘉麗•詹森 飾)。由於基地管理者的疏忽，一隻外面世界的飛蛾飛進了這座封閉已久的地下城市，它的出現令林肯6-E疑竇頓生，因為按照基地管理者的說法，所有的生物都在核戰中滅絕了。
　　在飛蛾的帶領下，林肯6-E來到了基地的中心，在那裏他看到自己從前被選中前往‘The Island（天堂島）’的朋友斯塔克威澤，但展現在面前的並非描述中的美麗，基地的科學家正為他施行手術，他的器官被取出送出基地，至此林肯6-E終於明白：自己的生活其實一個巨大的謊言，他們都是被克隆組織控制的克隆人，他們存在的意義只是為本體提供新鮮健康的器官。
　　得以真相的林肯6-E帶著喬丹2-D逃離基地，進入他們從未涉足的現實生活之中，現在他要前往洛杉磯找到自己的本體，解開關於自己身世的最後的秘密，但此時國家特工和基地組織的殺手已經將他們鎖定為最危險的目標，一場獵殺和抗爭，追逐與逃脫的鬥爭已經拉開了序幕……