以敏銳推力解決武術困難案件的高中生偵探工藤新一深受媒體青睞，也得到了警視廳目暮警官（西村雅彥）的賞識。新一的學校決定舉辦為期三天的修學旅行。但在出行前一天，新一收到一封內容為“修學旅行中，我將綁架你的同學”的挑戰書。上面還寫著“只要保護好同學就是你贏，否則要你奉還‘高中生偵探’的名號。提示是船上”。一行人將于第一天在湖上巡航一小時。 乘坐遊船的除新一班級的30名學生之外，還有代理班主任北島慎吾（府川亮），導遊西田麻衣（水川麻美，水川あさみ ），還有船長東邦夫（松重豐）和船員南田恭介（西村和彥）。其間，小蘭的好友園子（岩佐真悠子）由於暈船，在船內休憩室休息。但不久後就聽到“啪沙”的激烈水花聲，船上一片騷動。新一他們立即趕到休憩室，發現園子已失蹤，室內留有爭鬥痕跡。 接手此案的縣警搜查本部搜查負責人多摩川刑警（伊武雅刀）召開了搜查會議。由於園子是鈴木財團的千金，被勒索贖金的可能性極高。學生們被安排住進現場附近的酒店。非常擔心園子的小蘭向開偵探事務所的父親•毛利小五郎（陣內孝則）求助。其間，犯人竟大膽打來第二個綁架預告電話：“明天正午，我會再帶走一個人” 新一班級的所有學生都被集中在酒店大廳，出入口全都上鎖，更有多摩川刑警指揮的縣警嚴陣以待。大家在緊張氣氛中迎來了正午時分，酒店突然停電。雖然迅速恢復了供電，新一卻發現身邊的小蘭忽然消失了…