第一部《風摧邊關》，第二部《古墓驚雷》，第三部《京都疑雲》

第一部分《京都疑雲》
聖歷年間，武則天以其傑出的韜略和睿智把國家治理得有聲有色、國泰民安。雖然朝中李、武兩家爭奪皇權的鬥爭依舊暗潮湧動，武則天臨危不亂，泰然處之。可是一個突然出現的謀殺事件，卻把久居皇宮的武則天引出京城遭遇了一次驚險離奇的經歷，也使得早已懸印歸家的狄仁傑不得不重陷你爭我奪的官場鬥爭……
第二部分《風摧邊關》
一段三個年輕人的愛情故事，一件深埋在長城中帶血的案件揭開了……
一個風雨交加的夜晚，一聲巨響，一段邊關的長城倒塌了，頓時，沙石四起一片混亂。與此同時，西域的三千兵馬趁亂進湧入大周，修築長城的民工亂作一團，因父親被奸人所害而發配到這裏來當苦工的李玉良卻被圍在西域兵馬中。邊關將軍武官龍聞訊趕到這裏，發現李玉良騎在西域人的馬上……
武則天大怒，下令帶疑犯李玉良回京。工部侍郎潘有利奉旨查辦此事，卻收到了一神秘人送來的舉報信。但是膽小的他，燒毀了那封帶血的書信……。
武官龍押送李玉良回京時，遇到了打抱不平自稱為“天山俠客”的女伴男裝的潘玉，春香為了保護小姐，說出了她的真實身份，驚呆了的武官龍，想不到在他面前那個不講理的女子，竟是武皇為自己指婚的未婚妻。而潘玉也從匡連海那裏知道了武官龍就是自己的未婚夫……。
而此時回京的狄仁傑也遇到了被押解進京的李玉良，詢問中他感到李玉良的案件有蹊蹺，便派陶甘、馬榮暗中跟隨。果真，當晚客棧出現黑衣人，而李玉良也在眾人的眼皮下被人救走，當陶甘與黑衣人打鬥時，發現此人竟是潘玉……。
潘玉的父親潘有利正為此事為難時，武三思出面調解了此事，但希望潘玉與武官龍儘快成親。
邊關元帥告訴狄仁傑，當日出現在長城邊上的西域軍隊並不是真正的西域人，元帥的一番話，使狄仁傑再次陷入迷茫……。
原本不願意嫁給武官龍的潘玉改變了主意，她的決定驚呆了匡連海。為了擺脫潘玉放走李玉良的幹係，匡連海找到了百靈大師和一些神秘人，希望眾人提供李玉良的音訊……。
就在成親那天，不知從哪里飛出幾名身著黑衣的男子，捅傷了家人帶走了潘玉，武三思等人接到消息後都大為震驚，可是狄仁傑察看了現場，卻發現了一些奇怪的現象，狄仁傑認為潘玉的被劫事件，是潘玉自己所為，一旦傳開，那她就犯有欺君之罪。他命陶甘速將潘玉找回。而這時的潘玉卻被救李玉良的神秘瘋老頭所獲，此人自稱為“萬歲爺”武功高強。生性善良的李玉良，不讓神秘老頭傷害潘玉，他只希望潘玉能幫助他洗清罪名，潘玉同意只要不殺她，她同意為李玉良作證，為了怕潘玉反悔，“萬歲爺”將自己的獨門毒藥逼潘玉吃下，為了幫助自己早日拿到解藥，潘玉答應帶李玉良找自己的父親。路上潘玉買通了房東，讓他去告密，將李玉良拱手讓給了在外查案的武官龍。瘋老頭見到潘玉後要將她殺死，靈精的潘玉告訴他，只有她活著李玉良才能安然無恙。
武官龍得知潘玉在瘋老頭手中，為了保護潘玉，他不惜擔負背叛朝廷的罪名，用李玉良換回了潘玉。誰知，正在他開心的準備花橋時，潘玉又一次的不知去向……。
潘玉的行為激怒了女皇，她命潘有利火速將那個不知天高地厚的丫頭找回來，聽說這一切的武三思，卻意外得知潘玉竟是狄仁傑二十年前丟失的女兒，潘有利得知這個消息後，他找到狄仁傑想問個清楚誰知……。潘有利找來春香讓她將親筆寫給女兒的信交給潘玉。沒想到，春香剛一出城，便遇到了劫匪……。
在瘋老頭那裏潘玉知道了李玉良是忠臣之後，是一個善良的人。而李玉良也在不知不覺中愛上了潘玉，她決定給李玉良化裝成一個醜丫頭，回京城找自己的父親為李玉良伸冤。
幸得匡連海所救的春香在匡連海的照顧下，身體漸漸好轉，而她也愛上了匡連海無法自拔。匡連海卻利用春香的信任偷偷的換取了潘有利寫給女兒的信，交到了一個名叫劉正彪的手中，這個人又將信交給了武三思的家人。陶甘與馬榮找到了百靈大師，希望能從他的口中查到潘玉和李玉良的消息。誰知，就在他們剛剛出來時，百靈大師就被人殺害了……。
京城，狄仁傑感覺潘有利一定有什麼沒有告訴自己，他找到了潘有利卻看到了奇怪的表現，哪知第二天，潘府就傳出了震驚人的消息——潘有利死了。就在狄仁傑迷失了方向時，一個了不起的人物太平公主終於開始行動了……。
回京伸冤的李玉良和潘玉碰上尋找潘玉的陶甘、馬榮。潘玉努力不讓他們看出身邊的醜丫頭就是李玉良，多年在狄仁傑身邊的陶甘與馬榮很快識破了潘玉這點小聰明。談笑中潘玉被說的招架不住了，她只得承認……。正在這時，潘玉卻知道了潘有利去世的消息。獨自趕回了京城。
與匡連海一起回來的春香將那封信交給了潘玉。潘玉請狄仁傑來到父親的靈堂，並親手奉上了那封信。當狄仁傑看完信後，大為震驚。因為那封信上清楚的寫著害死潘有利的，正是狄仁傑，狄仁傑不相信那是潘有利寫給女兒的信。潘玉不聽狄仁傑的解釋她決心替父親報仇，幸好陶甘和馬榮及時趕到，才使狄仁傑免遭傷害。
在邊關，武官龍由於一次又一次被潘玉欺騙，變的每日靠酒度日，這時他認識了小林子的妹妹雲裏花，武官龍找到雲裏花所在的妓院為她贖身，兩人的感情在微妙中慢慢的轉變著……。
潘玉的毒就快復發了，為了取得解藥，李玉良讓匡連海假裝綁架他，以他作為人質與鬼狐狸換出解藥。誰知，陶甘帶領官兵趕到捉拿鬼狐狸時，卻抓到了李玉良，潘玉與鬼狐狸到大牢中救李玉良，卻被狄仁傑早看穿了他們的計謀，命陶甘與馬榮在那裏等他們來。潘玉沒有想到，李玉良沒有救成，還被李玉良誤認為出賣了他……。
春香一心愛著匡連海，可她感到匡連海有很多她無法解釋的疑問，她決心離開這個事非的地方，當臨別她來到了老爺的墓前，卻沒料到一又沾著血的大手從背後抓住了她……。
武三思知道了武官龍查到了黃勝賢的頭上，可能會對他們不利，但是他是自己的侄子，一時之間沒有了對策；逃跑的李玉良掉入山崖後， 被一戶農家人所救，並結識了聰明可愛的石頭姑娘。為了能儘早告訴潘玉匡連海的所作所為，他寫了一封血書，請石頭一定帶給潘玉。誰知在潘府的附近她被春香的屍體絆倒，發現死了十多天的春香根本沒有回家探親。當石頭拿著信來到潘府時，潘玉卻剛好不在家，而匡連海卻努力的試探這個陌生的女孩，希望能問出她來的真正原因……。
馬榮化名為金三在邊關查案，從工頭張武的話中聽出人們對武官龍的不滿，馬榮在與張武取證的地方，卻發現張武已經死了，潘玉與匡連海認出了化名為金三的馬榮，便一口咬定殺人的兇手就是馬榮，而武官龍並不相信他們的話，因為……。
李玉良向潘玉說明真相，哪知潘玉並不相信匡連海是壞人。為了證明自己沒錯，李玉良找到了石頭，可是，石頭也一下子像變了個人一樣，說並不知匡連海的事情。一氣之下，潘玉與李玉良絕交，而李玉良卻發誓要將匡連海的罪行公佈於天下。正當他們各行其是時，張柬之為狄仁傑帶來了有關李玉良的最新消息……。
雲裏花進宮，洗浴更衣後來到大牢，見到了武官龍，二人卻莫名其妙的死了。武官龍的死又一次的將案子推向高潮……。
就在潘玉為武官龍傷心時，一個陌生的老大娘找到了她……。
一向精明的潘玉，卻想不出她愛了這麼深的匡連海……。
於是一場更精彩的獵人與狐狸的最後較量才正式展開……。
第三部分《古墓驚雷》
西元690年，武則天稱帝，改國號為周。
一日，皇宮一直沒有人居住的“蘭苑”宮內出現了“鬼影”，並出現了一種不知是何物的紅水。“蘭苑鬼影”的出現，將人們籠罩在一種恐怖的氣氛中。隨後，供外國使節參觀的存放在珍寶樓的國寶全部被盜，從長安用來參展的珍寶途中被劫，使的朝廷上下亂做一團。
女皇武則天聞訊大怒，下旨命狄仁傑火速破案。為了查找寶物與真凶，狄仁傑來到獄中，找到了昔日聞名江湖的大盜飛天虎，請他幫忙找回皇宮失寶，條件是事成之後飛天虎可獲得自由。飛天虎找到昔日的結拜兄弟毒狼請求幫助尋找，很快就將寶物找回。就在人們忙於歡慶之時飛天虎卻突然失蹤。這時，大內副總管李公公又慘死在宮中。一波未平，他們又意外發現，找回的寶物全部是贗品。與此同時，由邊疆來的朝中女官慕容雨，發現舊時的戀人門固良就是今天朝中的捕快林如雪，然而使他意想不到的是林如雪卻不與她相認，幾經周折二人才重歸於好。而這時，已深深愛上慕容雨的陶甘只得將自己的感情埋藏在心中。
就在偵破“蘭苑鬼影”案件接近尾聲時，更讓狄仁傑頭疼的事在一個深夜發生了。大食國使節的僕人威爾遜突然暴死於荒郊一偏僻的小屋內，為此引起大食國強烈的不滿，他們不信任武皇委派的狄仁傑能夠偵破此案，請來了著名的偵探莫爾斯前來偵破。而狄仁傑卻在這時，被神秘人下毒，險些致命。莫爾斯的到來很快就找到給狄仁傑下毒的人，就是李公公的親生女兒草花。
武則天要親自審問草花，誰知草花卻在公堂上翻供，一口咬定一切行為都是狄仁傑所指使。在人們的努力下，終於從草花的口中發現了突破口，並設計捉拿了大內總管王德福和禮部尚書梁士卿。而梁士卿正是出現在皇宮的“鬼影”之一。
伴隨著案件的撲朔迷離，陶甘卻陷入了感情的旋渦中；大食國的露沙一心一意地愛著他，而陶甘心中愛著的卻是慕容雨，深深地愛著露沙的莫爾斯又在不斷的尋找陶甘決鬥，迷離的案件與複雜的感情交織在一起，成了一團讓人理不清的亂麻……
人們努力查尋的最大嫌疑犯花蝴蝶也不知被何人所殺。所有的線索都變成了一具具沒有感覺，沒有思想的僵屍；王德福在獄中發瘋，閉口不談盜寶一事，無人能從他口中查到蛛絲馬跡。而另一方面，慕容雨常常發現自己的最愛林如雪與江湖大盜飛天虎偷偷的往來，而對自己又隱瞞著什麼。林如雪的表現，使慕容雨一次又一次的陷入苦思，她把這一切歸咎於飛天虎……