揚州妓女韋春花之子韋小寶從小聽書聽戲，十分羡慕戲文中的英雄好漢，為了做英雄，他憑一時之勇搭救了一個落難的江湖好漢茅十八。茅十八感激小寶援手，更因他纏糾不休，將他帶到了都城北京。在京城韋小寶被一老一小兩個太監劫入進宮，他施展詭計將老太監海大富弄瞎，又將小太監名叫小桂子的害死，從此他便冒充小桂子在宮中做假太監。
一日韋小寶賭博歸來遇到一個自稱小玄子的華服少年正在練武，便與他交上了手，這少年正是康熙帝玄燁。顧命大臣鼇拜武藝高強、功高震主，為少年康熙所忌，為除掉鼇拜，康熙巧設計謀，讓韋小寶率一群小太監以戲耍角力為名將鼇拜擒殺。韋小寶智殺奸相鼇拜，大清皇帝固然龍顏大悅，反清幫會組織天地會也對他青眼相加，十三歲的韋小寶於一日之間竟成了天地會總舵主陳近南的關門弟子和地位甚高的天地會青木堂香主。韋小寶奉陳近南之命回宮臥底，一次他撞破了與邪惡幫會神龍教勾結的皇太后的隱秘，並從她口中得到了康熙之父順治在五臺山出家的消息，為防皇太后對小玄子不利，他將此事連同自己是冒牌太監一事告訴康熙。康熙聞聽父親尚在人間，又驚又喜，立即派遣韋小寶到五臺山尋訪。韋小寶因緣際會在莊家邂逅了生命中的紅顏知己雙兒，此後兩人一同前往五臺山清涼寺尋訪到了老皇爺順治，但卻在回返途中被神龍教劫往遼東蛇島。在蛇島韋小寶乘神龍教內訌之際，施展拍馬溜須絕技騙得了教主洪安通的信任，並當上了在教中職位甚高的白龍使。
《鹿鼎記》的主線韋小寶返回北京，向康熙報告了順治出家一事，本望皇上重賞，誰知康熙在誇讚一番後竟命他赴少林寺出家，朝夕之間十幾歲的韋小寶竟成了與年過八旬的少林寺方丈同輩的“晦明禪師”。“高僧”在寺中窮極無聊，便要生事，他縱酒狎妓，屢犯戒律，把一個千年古刹、佛門靜地搞得烏煙瘴氣、亂七八糟。平西王吳三桂在雲南苦心經營，勢力漸大，康熙決定武力撤藩，起兵之前，為了麻痹吳三桂，康熙決定將其妹建甯公主嫁與吳三桂之子吳應熊，正好韋小寶“出家”期滿，康熙使命他作了“賜婚使”。韋小寶率人護送建甯公主入滇，兩人本就相識，未到雲南就發生私通，賜婚使變成了駙馬爺。在昆明，正與韋小寶打得火熱的建甯公主不肯與吳應熊成婚，蠻性發作之際竟將吳應熊閹割，韋小寶見事變猝起，只得將吳應熊挾持與建甯公主繞湖廣返回京城，不久韋小寶又奉命去攻打與吳三桂和羅刹國勾結的神龍教，他率水陸大軍浩浩蕩蕩地殺向遼東，但未到蛇島，自己這位統兵大將就成了洪安通的俘虜。韋小寶身臨險境，不得已故伎重演，企圖一頓馬屁騙過洪安通，卻被關押起來，幸好雙兒相救，趁機逃出神龍教，洪安通發覺後當即領人對韋小寶進行了追殺。
韋小寶和雙兒慌不擇路，一路向北來到鹿鼎山，誤入了羅刹國軍營，韋小寶害怕潛伏于營外的神龍教，便施展伶牙俐齒將正在這裏巡視的羅刹國公主蘇菲亞騙倒，隨她一同去了羅刹國。蘇菲亞返回莫斯科，正趕上羅刹沙皇病死，韋小寶最善渾水摸魚，便憑著從戲文中學得的“安邦定國”計謀，幫助蘇菲亞發動了一次成功政變，蘇菲亞當上了攝政女王，韋小寶則因策劃有功被封為遠東伯爵。他心念故國，不久即藉故帶著羅刹使臣回到北京，清朝與羅刹使臣簽訂了和約而消除了羅刹國這一腹背之患，韋小寶則因議和有功被康熙降旨封為一等忠勇伯。
吳三桂謀反在即，為了穩定天下，安撫民心，康熙命韋小寶赴揚州為史可法修建忠烈祠。韋小寶衣錦還鄉，在揚州府衙宣讀完聖旨，隨即一人悄悄溜到麗春院去探望母親，沒想到在妓院卻陷入了江湖人士的包圍，他略施小計，以迷藥將一干人迷倒，並將六位美貌女子——洪教主夫人蘇荃、沐王府的沐劍屏、方怡、陳圓圓的女兒阿珂、王屋派的曾柔以及自己的雙兒一網打盡，收為己有。韋小寶香豔難舍之際，吳三桂已在雲南起兵反叛，小寶被迫從揚州返回京城。江湖奇人神拳無敵歸辛樹夫婦因誤殺天地會主腦吳六奇，抱憾不已，為此他們與天地會群雄商議，決定捨身入宮行刺康熙。韋小寶不忍見小玄子遇難，設計掩護。歸辛樹行刺不成，卻將天地會行址和韋小寶身份暴露，康熙以重兵將天地會首腦聚集的韋小寶爵府包圍，並命韋小寶戴罪立功，親自回府捉拿天地會群雄，韋小寶不忍加害師父陳近南和天地會兄弟，將他們盡數救出，自己則畏罪潛逃出京。
韋小寶逃到距蛇島不遠的“通吃島”，跟雙兒等七個老婆一住數年。康熙顧念與韋小寶的少年友情，不僅沒再派兵追殺，反而予以優惠照顧。羅刹國向東方的侵略滲透早已引起康熙的注意，平定西南、收復臺灣的勝利使他堅定了向羅刹用兵、收復失地的決心，韋小寶去過莫斯科，粗通羅刹語言，又與羅刹攝政女王有露水姻緣，康熙便將他召回京城，冊封他為鹿鼎公，撫遠大將軍，命他率兵向羅刹人作戰。韋小寶見“小玄子”不再拿天地會一事與自己為難，欣然領命，攜雙兒前往鹿鼎山，按照康熙的既定戰略一路殺去，連連得手，最後“尿射鹿鼎山”，一舉將羅刹軍隊擊敗，迫使羅刹使臣坐在談判桌前簽定了和約。韋小寶取得了軍事和外交雙重勝利，凱旋而歸，封妻蔭子，權勢與榮華達到頂峰，但不久麻煩又起，康熙命他去剿滅反清的天地會，天地會眾弟兄要他繼承師父陳近南的遺志，擔任總舵主，繼續與滿清作對為敵，韋小寶眼見忠義難以兩全，只有棄官而逃。他打著回鄉探母名義，領著七個老婆回到揚州，與母親韋春芳會合，隱姓埋名，擇地而居。康熙見韋小寶久不回京，著即派人四處查找，又親自六下江南尋訪。但終是石沉大海，杳無音信，自此世上不復有奇人韋小寶矣。