黃飛鴻(張衛健飾)，黃麒英的兒子，不但功夫好，且為人俠義為懷，在「寶芝林」贈醫施藥，譽滿廣東。
當地另一武館館主洪霸妒忌他，邀請高手仇千丈(釋行宇飾)來粵，要在醒獅大會上痛擊飛鴻。果然，在醒獅大會上，飛鴻與徒弟林世榮(林子聰飾)，梁寬(鄭曉東飾)，牙擦蘇(張嘉倫飾)等，遭到仇千丈及洪霸的伏擊；幸好得師叔蘇乞兒(王晶飾)之助，終擊敗仇千丈而奪標。洪霸把仇千丈及其患了重病的妻兒趕走，飛鴻相助千丈，不料陰差陽錯，無法醫好仇妻兒的病。他們死後，仇千丈極度哀傷，竟遷怒於飛鴻，發誓有生之年，非擊敗黃飛鴻不可。
黃麒英早為飛鴻說定，與方家留洋學醫、剛剛歸國的大小姐芷樺 (陳煒飾)的親事。芷樺私下往醒獅大會看看飛鴻的盧山真面目，怎知當時舞獅頭的是林世榮，芷樺誤會了他便是飛鴻，也顧不了父母反對，即逃往香港。
黃麒英命飛鴻帶眾徒往香港開設寶芝林分館。飛鴻師徒到達香港後，幾經艱苦才得到香港富商周炳(李國華飾)的幫助，開設了寶芝林分館。此時卻來了個日本武癡，武田秀一(吳慶哲飾)，向飛鴻挑戰。他的妹妹武田靜香(小王晶飾)柔情似水，對飛鴻一見鍾情，飛鴻亦對她大有好感。二人感情慢慢滋長，卻因她是日人，飛鴻備受壓力……
飛鴻徒弟也在香港各自遇到另一半，展開感情。林世榮在街市內遇上賣菜蓮，牙擦蘇邂逅了芷樺的丫頭哨牙珍，至於梁寬，卻與美麗的小偷──小雲雀成了一對歡喜冤家，漸生情愫。
飛鴻終和秀一較量。勝負未分之際，仇千丈出現了，並學會了失傳已久的鐵頭功，乘飛鴻和秀一惡鬥之時，予飛鴻千鈞一擊。飛鴻即時暈倒，到他醒來時，卻失憶了。林世榮、梁寬等出盡辦法醫治飛鴻，都失敗了。反而，芷樺因醫治飛鴻，日日相處，兩人真真正正的墜入了愛河。
這時，昔日被飛鴻打敗的敵人統統乘人之危，要置「寶芝林」於死地，尤其是外表英俊，應對得體，其實陰險、毒辣的小人周繼祖。他為了奪取叔叔周炳的家財，先用慢性毒藥毒死周炳唯一的親生兒子，然後把使自己過繼給周炳。豈料，此時竟發現飛鴻的徒弟梁寬，原來是周炳多年前失散了的私生子，周炳還更改遺囑，打算將全部財產留給梁寬，令繼祖咬牙切齒。但飛鴻失憶後，繼祖再無顧忌，勾結日本駐香港領事山本，將「寶芝林」趕盡殺絕。同時，周炳被繼祖設計害死，並竄改遺囑，獨吞了周家的遺產。梁寬母子被趕出周家，幸得小雲雀不離不棄，一雙小情侶患難見真情，終結為夫婦。　
在芷樺的悉心照料下，飛鴻終於恢復了記憶，但在他被繼祖及山本陷害入獄時，靜香曾犧牲自己，救出飛鴻。靜香雖不求回報，但飛鴻不能負義，他決定與靜香結婚，放棄芷樺。芷樺傷感，但也無怨言。
一夜，山本突然派人請靜香前往日本領使館。原來，秀一揭發了山本私下販賣軍火的罪行，卻被山本捉住，但秀一較早前已將山本的犯罪證據交給靜香。山本便是利用秀一逼靜香交出犯罪證據。為了拯救胞兄，靜香隻身犯險，結果兄妹二人同遭毒手。但靜香卻沒把犯罪證據交出，反而藏在領使館裏，山本翻天覆地也找不到。
靜香死後，飛鴻茶飯不思，有如行屍走肉，一眾徒弟愛莫能助。周繼祖得勢不饒人，收回寶芝林的地鋪，令黃飛鴻師徒等人無處容身。此時，梁寬發現父親是繼祖暗中毒殺的，為了報仇，他不惜投靠山本。山本軟禁了小雲雀，要寬當眾挑戰黃飛鴻。梁寬無奈就範，結果出人意外，飛鴻竟然在眾目睽睽之下被梁寬擊倒，從此聲名一落千丈…
為了刺激飛鴻重新做人及暗中調查繼祖害死周炳的罪證，芷樺不惜答應繼祖的求婚。就在繼祖迎娶芷樺的當天，飛鴻及時趕到，揭穿了繼祖的真面目，繼祖終於伏法。
原來，梁寬的背叛，也是飛鴻一手策劃的，讓梁寬接近山本，尋找其犯罪證據。山本也知道，不剷除飛鴻等人，就永無寧日。所以他也從日本請來忍術高手，準備與飛鴻等決一死戰。
這一場正義與邪惡之戰，飛鴻絕不能輸……