一拉開序幕就看到讓人膽顫心驚的一幕，小燕子和紫薇竟然要被問斬，實在太不可思議了！！！怎麼會這樣？短短的一年不到，怎麼天地都顛倒了呢？
一瞬間背景又拉回半年前，香妃和麥爾丹這兩位關鍵人物還未出現在大家眼前時，那時大家開開心心的生活著，直到有一天，皇太后帶著晴兒從避暑山莊回來了，皇太后認為格格們就應該乖乖的呆在宮裏面，要有大家閨秀的氣質，但沒想到卻會遇上小燕子這樣的格格，又有皇后和容嬤嬤在旁挑撥，使得小燕子和紫薇的生活過的如同水深火熱之中。
沒想到這時香妃竟然被送入宮中，對皇上來說，是一個嶄新的挑戰，因為他從沒遇到過有勇氣抵抗他的美女，所以對香妃窮追不捨。但在香妃心中已經沒有可容納他的位置了，因為她的整顆心已經給了青梅竹馬的麥爾丹了。
不打不相識，沒想到以這種方式大夥兒認識了麥爾丹，後又全盤瞭解麥爾丹與香妃之間的海誓山盟，所以決定不計一切代價要讓麥爾丹和香妃長相廝守。在這期間，小燕子等人更認識了蕭劍，一位來路不明的俠客。
當時令妃娘娘剛好生了一位阿哥，也就是以後會當皇帝的十五阿哥，在滿月筵席的那天，大家合力把香妃給送出宮去，皇阿瑪一氣之下決定要問斬兩位格格。
問斬當天，在眾阿哥、格格以及妃子等人的求情下，皇阿瑪已經決定要釋放她們倆了，但一聽到五阿哥永琪以及爾康逃獄後，一怒之下，發了個立即處斬的聖旨。大家原本以為還有一線希望，沒想到等到的是這種結果，於是大家決定遠走天涯。
路途中皇后派人一路追殺，使得小燕子等人逃得更加狼狽，不但金鎖與柳青跌落山崖，紫薇也瞎了眼睛，爾康更身受重傷。不過好在有蕭劍的協助，使得大家得以平安的度過危機，不過因為蕭劍和小燕子的態度曖昧不已，使得永琪醋勁大發。最後因蕭劍解釋才得知原來蕭劍與小燕子是親兄妹，永琪當然也就釋懷了。
另一方面，令妃娘娘一直規勸著皇帝，希望他能收回逮捕小燕子等人的命令，免得後悔也來不及了。沒想到皇上派出去的人竟回報說有個男的受了重傷，有一對男女掉下懸崖，皇上一聽才知道已經後悔莫及了，於是派了福倫下江南去尋找小燕子一夥人。
沒想到金鎖因禍得福，因墜崖的事件才瞭解到柳青對她的重要性，所以他們決定終身廝守。而且紫薇也奇跡似的眼睛複明瞭，之後金鎖、柳青、柳紅終於跟上了大家的腳步，於是大家幫金鎖以及柳青辦了一個簡單、克難式的婚禮。
此時，福倫帶著一個好消息出現於大家的面前，那就是皇阿瑪已決定赦免大家了，大夥兒終於可以回去紫禁城了。但大夥兒有感于皇阿瑪的反復無常，所以決定不回皇宮了，他們打算去看看雲南的風景。
福倫有感於無法說動大夥兒回京，所以採取了拖兵策略，沒想到竟等到皇阿瑪親自出馬。但大夥兒還是不為所動，當皇上知道無法挽回時，於是當場就交給了兩位格格每人一面免死金牌，而且告訴她們每人有三次機會，而且也給了他們去雲南所需要的盤纏。
紫薇和小燕子一聽到皇阿瑪還是那麼地疼她們，於是決定跟隨皇阿瑪回宮。回宮後，皇阿瑪才發現原來皇后娘娘暗地裏派人追殺小燕子等人，原本打算殺了容嬤嬤以及皇后，沒想到紫薇與小燕子竟然不計前嫌地拿出免死金牌為皇后以及容嬤嬤求情，但皇阿瑪決定將十二阿哥交由令妃看管，到最後，還是紫薇求情，十二阿哥才得以回到皇后身邊。
經過這番風風雨雨，皇后及容嬤嬤始大徹大悟，且皇太后意識到之前所有的一切一切都是皇后挑撥所造成的，所以她丟下身段向大家說聲對不起。
在洞房花燭夜那天還出現了一些小插曲，當天晴兒與簫劍第一次碰面，雙方都被電到了，很有可能擦出愛的火花！！！而且因為小燕子和紫薇是同時出閣的關係，竟然會出現新娘走錯洞房的笑話出現。